A ANFIC é estruturada com uma Assembleia Geral, uma Diretoria, um Conselho Fiscal e Conselhos Consultivos. Cada um desses órgãos tem funções e responsabilidades específicas, como detalhado nos artigos pertinentes do Estatuto (Estatuto Social da Associação Nacional de Filosofia Clínica, Artigos 7º, 8º, 9º).