Os órgãos gestores da ANFIC incluem a Assembleia Geral, a Diretoria, o Conselho Fiscal e os Conselhos Consultivos, Conselho Nacional de Ética e Disciplina do Filósofo Clínico e do Especialista em Filosofia Clínica – CNED e Conselho Nacional para Assuntos Acadêmicos – CNAA. (Estatuto Social da Associação Nacional de Filosofia Clínica, Art. 7º)